Lizbon Antlaşması ile ilk kez daimi bir AB Konseyi Başkanlığı (AB Başkanlığı) görevi oluşturulmuştur. Üye ülkeler tarafından 2,5 yıllığına ve en fazla iki dönem için seçilecek Başkanlık makamının oluşturulmasında AB politikalarında devamlılık sağlanması, üye ülkeler arasında eşgüdümün kolaylaştırılması ve istikrarın sağlanması hedeflenmiştir. Lizbon Antlaşması’nın 15. maddesine göre; AB Konseyi Başkanı’nın görev ve sorumlulukları şunlardır:
• Avrupa Komisyonu Başkanlığı ile işbirliği içinde AB Konseyi’nin çalışmalarının sürekliliğini sağlamak,
• Yılda iki kez toplanan AB Konsey Zirvesi için hazırlıkları yürütmek,
• AB Konseyi içinde uyumu sağlamak,
• Konsey toplantılarının ardından Avrupa Parlamentosu’nu bilgilendirmek,
• Dış Politika ve Güvenlik Yüksek Temsilcisi’nin görevi ile çelişmeyecek ve ona bağlı kalacak şekilde AB’yi Dış İlişkiler ve Güvenlik Politikası alanında temsil etmek.
AB liderlerinin ortak kararı ile ilk AB Bakanlar Konseyi Başkanı olarak, 20 Kasım 2009 tarihinde Belçika eski Başbakanı Herman van Rompuy seçilmiştir.
AB Konseyi Başkanlığı (Presidency of the Council of the Union)